관세청의 수입쇠고기이력관리시스템 대상품목이 지육을 제외한 12개 부산물로 국한됐다. 또 앞으로 관련업무를 농림수산식품부로 이관키로 함에 따라 이 제도가 당초의 취지를 살리지 못한 것으로 지적되고 있다. 관세청은 광우병 예방과 문제있는 수입쇠고기의 신속한 회수를 통한 국민건강 확보를 위해 1월1일부터 수입쇠고기이력관리시스템의 본격 실시에 나섰다.

그러나 당초 예상과 달리 대상물품을 뇌.눈.척주 등 광우병 특정위험물질 등 12개 부산물로 국한했다. 이마저도 고시 부칙을 통해 농식품부의 유통경로 추적관련 전산시스템이 운영되면 관련업무를 이관키로 해 대상품목 확대 등에 대해서는 사실상 손을 놓고 있는 실정이다. 이같이 관세청이 대상품목을 부산물 부위로 한정한 것은 관리를 위한 인원 충원 등에 어려움이 많기 때문이란 설명이다. 관세청 관계자는 필요시 고시를 통해 대상품목을 지육 등으로 확대하는 데는 별 어려움이 없으나 관세청 입장에서 보면 수입쇠고기는 이력관리 대상의 한 품목에 불과하다면서도 앞으로 관련업무가 농식품부로 이관되는 것이 확정된 상태에서 굳이 대상품목을 확대할 필요는 없을 것이라고 밝혔다.

한편 수입쇠고기이력관리시스템은 수입쇠고기에 문제가 발생할 때 이의 신속한 회수를 위해. 수입자가 해당물품을 인수한 유통업자의 상호.사업자등록번호.주소 등 세부자료를 세관장에 제출하거나 관세청 수입물품 통관.유통이력 관리시스템.에 입력토록 하고 유통업자가 다시 판매업자에게 쇠고기를 넘길 때 이를 신고토록 하고있다 .