앞으로 구제역 발생국으로 해외여행을 다녀온 축산농가는 입국시에 공항만에서 신고후 소독을 받도록 의무화하고 소정의 교육을 이수한 자에 한해 축산업 면허를 주는 제도 도입을 검토키로 하는등 구제역 발생을 계기로 가축사육환경과 방역.검역시스템을 획기적으로 개선한다.

정부는 14일 정운찬 국무총리 주재로 국가정책조정회의를 개최하여 구제역 발생에 따른 방역대책 추진 상황을 점검하고, 구제역 조기종식을 위하여 범정부적으로 대처해 나가기로 하였다. 이날 회의에서 정총리는 '피해농가에 대한 신속한 지원 조치와 함께 우리나라에서 다시는 구제역과 같은 악성 동물질병이 발생하는 일이 없도록 중장기적으로 우리 축산업을 선진국 수준으로 높일 수 있는 종합대책을 마련하여 줄 것'을 관계부처에 당부했다.

한편, 정부는 이날 회의에서 피해지역 농가의 조속한 경영안정을 위해 가축의 매몰,이동제한으로 피해를 입은 농가에 대해서는 신속한 지원조치를 취하기로 하였다. 방역 조치로 사육하던 가축이 매몰처분 된 농가에 대해 보상금과 생계안정자금을 신속히 지원하고, 가축 출하가 통제된 방역지대 내 소․돼지 등 우제류에 대한 수매도 단계적으로 실시해 나갈 계획이다. 아울러 6월 2일 지방선거를 대비하여 기관장의 공백기 방역소흘을 미연에 방지하기 위하여 7월 2일까지 정부합동 점검반이 지자체의 방역추진 실태를 점검하고, 점검 결과 문제 지자체에 대해서는 경고 등의 조치를 취하고, 향후 농림수산관련 정책자금 지원 및 지자체 평가시 불이익을 부여하는 방안을 강구키로 하였다.