2009년도 농식품부가 추진할 축산부문 사업규모가 1조1469억원으로 올 9954억원 대비 1515억원, 15.2%가 증가했다. 또 축사시설현대화사업 등 자유무역협정이행지원기금에서 지원되는 사업도 올해보다 441억원이 늘어난 1531억9900만원이 편성됐으나 한.미FTA국회비준과 연계돼 있어 집행이 유보될 가능성도 높다. 농림수산식품부에 따르면 2009년 예산과 기금을 합한 축산부문 사업규모는 1조1469억원이다.

농특회계는 1554억원으로 전년대비 123억원이 감축됐으며, 축산분뇨처리지원 691억3900만원, 가축방역지원 288억5700만원, 살처분보상금 5000억원 , FTA대비 축산경쟁력제고 74억3900만원 등이 편성됐다.

또 축발기금은 2008년 보다 15.2%가 늘어난 8263억8800만원이 편성됐다. 주요사업으로는 축산물수급관리에 1598억2000만원, 가축개량 등 축산기술보급에 482억7600만원, 축산물생산구조개선 540억5300만원, 축산물유통구조개선 4120억1300만원 등이 각각 편성됐다. 이와 함께 FTA기금으로 축사시설현대화자금이 올 대비 38.2%가 늘어난 1421억9900만원이 편성됐고, 브랜드육타운지원사업도 2009년에는 80억원으로 늘었다.

또 우량송아지생산을 위한 비육시설지원사업도 30억원이 편성됐다. 내년 신규사업은 5개사업에 306억2400만원이 편성됐다. 농가소득증대를 위해 향후 4년간 추진될 품질고급화지원사업에 139억3500만원이 편성됐고, 도축장 구조조정을 촉진하기 위한 사업비 17억5000만원을 책정해놓았다. 또 60억원으로 축산물직거래이동차량 100대를 지원할 예정이다. 균특회계를 통해 한우명품화사업에 25억원, FTA대비 축사경쟁력제고사업에 74억3900만원을 지원한다.