소독이란 동물 개체의 성장, 건강 및 생존에 해로운 영향을 미치는 병원체, 해충, 동물의 살균 및 구제와 축사 환경을 깨끗하고 안전하게 유지하기 위한 적극적인 위생관리 활동을 뜻한다. 질병예방을 위한 가장 중요한 작업이다.
물리적 소독방법과 화학적 소독방법이 있다. 물리적 소독방법 중 소각법 및 발효법(퇴비화)은 환축의 사체나 병원체에 오염된 깔짚 및 분변 등을 소독할 목적으로 사용된다. 화학적 소독방법은 소독약을 사용해서 소독하는 방법으로 일상적으로 널리 이용되고 있는 소독 방법이다.
한가지 소독약이 모든 병원체에 효과가 있는 것이 아니기 때문에 오염물 및 오염 장소를 고려해서 적합한 소독약을 선정하여야 한다.
살포전에 필요한 준비작업 축사내부에 분뇨나 오염된 자리깃이 많이 쌓여있을 경우 그 위에다 소독약 액을 살포하면 소독약의 효과가 크게 감소하고 약해지기 때문에 소독할 장소는 약제를 살포하기 전에 깨끗이 청소하고 물로 씻어내어 가능한한 남아있는 유기물을 모두 제거하고 건조하도록 하여야 한다. 건조시키지 않으면 소독약이 희석될 뿐만 아니라 틈새에 수막이 형성되어 소독약이 침투하지 못해 소독효과가 없다.
설명서에 권장하는 농도를 지켜야 소독효과가 가장 좋다. 농도가 짙으면 약제가 낭비될 뿐만 아니라 자극성이 강해서 살포하는 사람이나 가축에도 피해를 주게 되며, 산도가 맞지 않아 약효가 떨어지는 경우가 있다. 보통의 소독약은 온도가 올라갈수록 약효가 높아지지만 염소제나 요드제는 온도를 높이면 유효성분이 증발되어 효과가 떨어진다. 또한 단일제재로서는 효력이 탁월한 소독약일지라도 타제품과 혼합할 경우 어떤 화학적 및 물리적 변화에 의하여 품질이 좋지 않게 된다는 것은 당연한 사실이므로 주의해야 한다.